Parafia już istniała w 1225r.W latach 1401 -1481 proboszczami byli tu profesorowie Akademii Krakowskiej. Kościół pierwotny , murowany pw. Św. Leonarda według świadectwa Marcina Bielskiego i Jana Długosza został ufundowany w 1140 r. przez Piotra Dunina . Gdy okazał się zbyt mały , zbudowano obok niego drugi p. w. Wniebowzięcia N.M.P. Istniały one obok siebie do 1746 r. , kiedy zostały rozebrane . Kościół obecny , murowany , zbudowany w latach 1748 -1753 staraniem proboszcza Ks. Franciszka Dziurkiewicza , kanonika kolegiaty św. Anny w Krakowie , konsekrowany w 1756 r. przez Bp. Chełmskiego Walentego Wężyka , z ołtarzem głównym wykonanym przez snycerza Szymona Jackiewicza – a w nim umieszczono słynący łaskami obraz N.M.P Pajęczańskiej ( Pajęckiej ) z XIII w. Po pożarze w 1810 r. kościół odbudował ks. Józef Paulicki w latach 1810-23 . Kolejnej restauracji świątyni dokonał w latach 1876 -77 ks. Jan Wojciechowski .W czasie okupacji hitlerowskiej zniszczone zostało wnętrze kościoła i obrabowane z parametrów .Odnowiony został na zewnątrz przez ks. Stanisława Nejmana .Za ks. Czesława Muszkieta odmalowano wnętrze kościoła i położono nowy dach na kościele i plebani . Jego następca ks. Janusz Gajda odnowił kościół i wybudował kaplice przedpogrzebową .Ks. Jan Zdulski przeprowadził od 1997r
prace konserwatorskie ołtarzy a posadzkę wyłożył płytami marmurowymi .
Z dziejami parafi Pajęczno ściśle związany jest kult Matki Bożej . Od czasów średniowiecza w ołtarzu głównym znajduje się słynący łaskami obraz
N.M.P. Pajęczańskiej pochodzący z XVI w. Obraz ten otoczony szczególną czcią wiernych z Pajęczna i okolicznych parafi . Podczas okupacji hitlerowskiej obraz przechodził trudne koleje losów . Kościół został przeznaczony na więzienie dla Żydów , a potem na warsztaty stolarskie .W tej sytuacji mieszkaniec Pajęczna Antoni Durys wyniósł potajemnie obraz Matki Bożej wraz ze srebrną sukienką i z pomocą Wacława Popiela przenieśli obraz na miejscowy cmentarz grzebalny i ukryli w grobie rodzinnym . Szczęśliwie obraz przetrwał tam do końca wojny .W dniu 04.marca 1945 r. w uroczystej procesji został przeniesiony do kościoła parafialnego i umieszczony na dawnym miejscu w głównym ołtarzu .
Decyzją abp. Stanisława Nowaka obraz otrzymał tytuł Pajęczańskiej Matki Kościoła . Na wizerunek ten, papieskie korony nałożył kard. Stanisław Nagy 28.05.2005 r.
W dniu ustanowienia miejscowego kościoła Sanktuarium Eucharystycznym ( 31.05.2010 r.) , została zaprowadzona w nim całodzienna adoracja Najświętszego Sakramentu .